Obszar gminy związany jest historycznie z Kujawami, które wyodrębniły się w osobne księstwo w 1194 r., początkowo ze stolicą we Włocławku, następnie w Inowrocławiu. W wyniku rozbicia dzielnicowego na przełomie XII/XIII w., ziemie te znalazły się pod panowaniem Władysława Łokietka. Wiek XIII i początek wieku XIV to okres rozwoju regionu, a także okres licznych niepokojów wewnętrznych i zewnętrznych, w dużym stopniu związanych z osiedlonymi w Ziemi Chełmińskiej Krzyżakami. Konflikty z Krzyżakami doprowadziły do wojny polsko-krzyżackiej w latach 1327-1332, w wyniku której doszło do przejściowego opanowania Kujaw przez Krzyżaków, przy jednoczesnym totalnym zniszczeniu całej prowincji. Kujawy powróciły do Korony dopiero w wyniku pokoju. Druga połowa XIV w. była okresem nie tylko likwidacji zniszczeń wojennych lecz i szybkiego rozwoju społeczno- ekonomicznego całego obszaru.

Miejscowość Choceń jest wzmiankowana już w XII w. jako własność klasztoru w Lądzie z parafią erygowaną przed 1326 r. W 1444 r., Choceń był własnością Marcina herbu Mościc vel Ostoja, w 1489 r., należał do Lubrańskich, w XVI w., był własnością Mikołaja Sokołowskiego herbu Pomian starosty brzeskiego, w pierwszej połowie XVII podkanclerza koronnego Arnolda Kryskiego, natomiast w drugiej połowie XVII w. Damiana Kretkowskiego kasztelana chełmińskiego.

Po 1710 r., sytuacja polityczna kraju zaczęła się normować i przez 60 lat Kujawy przeżywały względny spokój. W tym okresie Choceń był własnością rodu Brzeskich herbu Starża.

Po upadku powstania styczniowego teren obecnej gminy Choceń znalazł się w obrębie guberni warszawskiej. W tym okresie Choceń należał do rodziny Blizińskich. Znaczną rolę w ożywieniu gospodarczym Kujaw w tym czasie odegrało wybudowanie w 1862r., kolei „warszawsko-bydgoskiej”. Związany z nią dworzec kolejowy w Czerniewicach wybudowano w 1893 r. Rozwój drobnego przemysłu jaki później nastąpił przede wszystkim przemysłu spożywczego znajduje m.in. odzwierciedlenie w postaci zakładów mięsnych z 1910-1918 r., w Czerniewicach oraz cukrowni w Choceniu z 1914r.

Gmina Choceń była w dniach 9-13.09.1939 roku terenem krwawych walk 27DP i 15DP „Armii Pomorze” z 208DP i 50DP KA niemieckiej. Kilkudniowa obrona regionu Chocenia odegrała poważną rolę w największej bitwie września 1939 roku – bitwie nad Bzurą. Na miejscowym cmentarzu parafialnym z połowy XIX wieku znajduje się grób poległego w 1939 roku żołnierza polskiego.

Znajduje się tu także grób Marysieńki Higersberger. Na podarowanych przez nią gruntach została zbudowana funkcjonująca do dzisiaj szkoła podstawowa. A w 2001 roku na tych gruntach zbudowany został jeszcze gmach mieszczący gimnazjum, liceum i szkołę zawodową. Od 2018 r., roku stanowi siedzibę Szkoły Podstawowej im. Janusza Korczaka w Choceniu.

W 2011 r., do miejscowości Choceń została włączona miejscowość Zakrzewek. Nazwa miejscowości Zakrzewek ma wartości historyczne. Była notowana jako kolonia od 1867 roku, wcześniej był to folwark założony w 1844 roku przez właściciela dóbr Choceń – Zakrzewskiego.